O PM2 só re-inicia automaticamente, depois de um reboot do servidor, os processos que estavam salvos na última chamada de pm2 save. Se você rodou pm2 start manualmente e nunca salvou, o processo volta a não existir após o próximo boot — mesmo que ele estivesse “online” havia meses.

# depois de iniciar (ou reiniciar) qualquer processo:
pm2 start ecosystem.config.js
pm2 save

# conferir o que está salvo para resurrect automático:
cat ~/.pm2/dump.pm2 | grep -o '"name":"[^"]*"'

# garantir que o pm2 tem um serviço systemd registrado no boot (só 1x por servidor):
pm2 startup systemd

Sintoma típico desse problema: a VPS caiu ou foi desligada por um tempo, voltou, e só parte das aplicações está no ar — exatamente as que foram salvas por último.